知識創新工程以來，我國 微生物菌種保藏種數達20，000余株，居亞洲位，新發現 微生物菌種數占全國的65%。開發了國內氨基酸、酶制劑、有機酸等工業領域的自有技術，在病原微生物與免疫、農業生物技術以及環境保護等領域做出了一批有影響的高水平科研工作。積極促進科技成果轉移轉化，聯合開發了一批環境友好、資源節約的高技術生物產品。
創新三期，微生物所明確了“ 微生物、高科技、大產業”的戰略定位和歷史使命，確立了發展目標，主要包括：建立從微生物資源開發、生物技術自主創新到成果轉化的研發體系，著力發展工業微生物研究與技術開發，實現一批生物能源、生物材料、生物基化學品和綠色化學過程等技術的產業化，開發若干新疫苗、新藥。形成微生物研究與利用的持續發展能力，打造的技術市場化操作平臺，形成科技成果有效轉移轉化的新機制。成為我院工業生物技術創新基地的核心研究所。
創新三期，微生物所成立戰略研究辦公室，推進戰略研究機制化和平臺化。在天津濱海新區建設現代工業生物技術研發中心，建立的工業微生物技術集成創新、成果產業化與市場化的轉化與操作平臺。不斷完善聘用制度和流動機制，凝聚杰出人才膽啟用70年代出生的青年人才，打造結構合理的創新團隊。實施國際評估，加強國際合作，提升微生物所科研水平和國際影響。成立了產業發展處，與企業成立多個聯合實驗室，促進成果轉移轉化和產業化。研究所制度建設、科學管理和創新文化取得顯著成績。
目前存在的主要問題：需進一步凝練以發展工業生物技術為中心的科技目標，加強相關研究布局，統籌協調好微生物資源、工業與應用微生物、病原微生物三大研究領域。急需建設從研究、開發、成果轉化直至產業化的高效管理機制。人才隊伍還存在一些結構性不足，具有卓越領導力的戰略科學家和尖子人才數量不足，適應轉移轉化和產業化要求的專門人才不足。亟待建立適應基礎研究與應用研究并重的生命科學研究所的現代治理結構。
工業生物技術產業是當今世界具潛力的朝陽產業之一，由病原微生物引起的新生與突發傳染病對人類健康構成巨大威脅。微生物科技作為其主要科技創新的源頭，呈現快速發展的態勢，微生物科學重新成為一個令人激動的科學前沿，微生物技術及其開發利用已成為實現經濟社會可持續發展、維護國家利益與國家安全的重要戰略領域。這為微生物所發展提供了難得的歷史機遇，也提出了巨大的挑戰。
微生物所作為我國 微生物領域的國家研究所，必須要在國家規劃實施和院相關創新基地建設中發揮骨干作用。
知識創新工程給研究所帶來了巨大變化和發展機遇，微生物所幾年來不斷凝聚和提升發展目標，科技創新工作也不斷取得進展，目前發展形勢良好，領導班子魄力大，改革創新意識強，正全力以赴地推進創新工程三期。院黨組一手抓系統性、整體性改革，一手抓重點突破與典型示范，決定由微生物所等5個研究所開展綜合配套改革試點，我們將抓住這一重要機遇，把“微生物、高科技、大產業”戰略思想真正落在實處，實現跨越和持續發展。
抓好研究所綜合配套改革試點
知識創新工程以來，我院推進了研究所的重大改革調整，優化科技布局，改革人事制度，創新體制機制，研究所創新能力得到大幅提升。各研究所從實際出發，圍繞我院整體發展目標，積極探索，銳意創新，在研究所管理的許多方面取得了突破性進展，創造和積累了寶貴的經驗，不少研究所具備了實現創新跨越、持續發展的條件與基礎。同時，也要看到，我院在研究所管理方面仍然存在著不少亟待解決的問題，主要表現在：中國特色現代研究所制度尚未完全確立，適合不同類性質科技創新活動規律的研究所管理體制機制模式尚未完全形成，研究所分類管理的科學基礎尚未完全建立，在對研究所管理上的政策劃一現象普遍存在。
為解決這些問題，院黨組決定開展研究所綜合配套改革試點。這次試點的主要目標，一是為建設“布局合理、四個一流，和諧有序、競爭向上，開放合作、引領發展”的研究所探索道路、積累經驗。把建設改革創新和諧奮進中國科學院的政策措施落實到研究所層面，重點落實院出臺的科技布局調整、人力資源管理、體制機制改革等重大改革措施。二是發展研究所核心競爭力。凝練與提升創新目標，推進體制機制改革，重點建設科技布局自主適時調整的機制、人才隊伍動態優化的機制、與創新體系各單元聯合發展的機制、資源配置和科技評價適應發展要求的機制，同時切實防止研究所定位模糊、方向發散。三是建立研究所分類管理的科學基礎。探索建立適應不同類型研究所學科、區域特點和發展態勢、發展要求的體制機制和發展模式，逐步建立現代科研院所制度和科學管理基礎，探索建立我院適應不同類型研究所新型分類管理的體制機制和模式。
試點的主要原則，一是以科學發展觀為指導，貫徹落實建設改革創新和諧奮進中國科學院的總要求; 二是堅持改革創新、與時俱進，典型、分類指導、以點帶面、有序推進，通過典型示范，帶動全院研究所加快發展 ; 三是堅持統籌協調，與創新基地建設、重要方向布局和結構調整有機結合; 四是立足國情所情，面向未來，與試點所實現創新三期目標、加快實現跨越發展有機結合。
試點所的選擇，主要是考慮綜合實力強、發展勢頭好、成績突出、領導班子改革創新意識強，并且具有典型性和代表性的研究所。經認真比選，院黨組決定在計算所、高能所、微生物所、寒旱所、上海技物所等5個所開展試點工作，并明確了各試點所的工作任務和重點。例如，計算所重點開展網絡型研究所持續發展機制、更加開放的大科研模式、人力資源管理改革以及知識產權管理改革等的試點。高能所重點開展制定大科學裝置發展路線圖、大科學裝置布局調整、依托大科學裝置的多學科綜合交叉研究中心建設、人力資源管理改革、管理體制和運行機制改革等的試點。微生物所重點開展探索建立工業生物技術創新基地核心研究所、探索建立“微生物、高科技、大產業”科技創新價值鏈、人力資源管理改革、管理體制機制改革等的試點。在此基礎上，再選擇若干條件較好、有典型代表性的研究所開展試點。
本次黨組擴大會審議并原則通過了研究所綜合配套改革試點總體實施方案和計算所、高能所、微生物所的具體實施方案，并決定啟動這三個所的試點工作。
為加強對試點工作的領導，院成立了試點工作領導小組。試點期間，院將在人力資源管理、資源配置、科技評價等方面給予試點所以更大的自主權，在結構調整、前瞻部署、人才引進方面給予試點所必要的支持，允許試點所根據學科特點和發展需要突破院現行有關規定，為研究所改革發展探索路子、積累經驗。
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